Firma, która chciałaby zarejestrować się w systemie EMAS, musi po pierwsze mieć wdrożony system zarządzania środowiskowego według normy ISO 14001. Następnie powinna rozpocząć przygotowania do spełnienia wymagań stawianych organizacjom aplikującym, co uregulowane jest rozporządzeniem EMAS. Przygotowania składają się z kliku etapów, a ostatnim z nich jest rejestracja w systemie. W zależności od wielkości firmy oraz rodzaju prowadzonej przez nią działalności cały proces od podjęcia decyzji do rejestracji może trwać od 6 do 18 miesięcy.
Aby zarejestrować firmę w systemie EMAS, należy podjąć kolejno następujące działania:
- przeprowadzić przegląd środowiskowy;
- wdrożyć system zarządzania środowiskowego (SZŚ);
- przeprowadzić wewnętrzny audyt środowiskowy; opracować deklarację środowiskową;
- poddać się weryfikacji przez niezależnego, akredytowanego weryfikatora środowiskowego;
- złożyć wniosek o rejestrację wraz z deklaracją środowiskową do właściwego regionalnego dyrektora ochrony środowiska.
W Polsce, rolę właściwego organu rejestrującego pełni Minister Środowiska. W imieniu ministra w terenie działają Wojewodowie, gdyż to oni bezpośrednio rozpatrują wnioski organizacji o rejestrację i prowadzą tzw. rejestr wojewódzki. Urząd Wojewódzki sprawdza kompletność i wiarygodność dostarczonych dokumentów i dokonuje wpisu do rejestru wojewódzkiego. Następnie, informacja ta jest przekazywana do Ministra Środowiska celem wpisania do rejestru centralnego. Zadaniem Ministra Środowiska jest przekazanie informacji o zarejestrowanej firmie do unijnego rejestru EMAS prowadzonego przez Komisję Europejską. Rejestracja w systemie EMAS wiąże się z opłatą, którą wnosi się do właściwego regionalnego dyrektora ochrony środowiska. Jej wysokość zależy od rodzaju organizacji (prywatna/publiczna), wielkości (mała/średnia/duża) i została określona na podstawie zapisów rozporządzenia Ministra Środowiska.
Szczegółowe informacje na temat funkcjonowania systemu EMAS w Polsce można znaleźć na oficjalnym portalu EMAS: http://www.gdos.gov.pl prowadzonym przez krajową jednostkę właściwą, tj. Ministerstwo Środowiska we współpracy z Generalną Dyrekcją Ochrony Środowiska. Strona zawiera szereg informacji przeznaczonych zarówno dla organizacji, jak i weryfikatorów środowiskowych. Można tam dowiedzieć się wszystkiego na temat ram prawnych funkcjonowania systemu EMAS w Polsce i Unii Europejskiej, procesu wdrażania systemu w organizacji oraz warunków rejestracji. Na stronie dostępne są także, aktualizowane automatycznie, rejestry organizacji zarejestrowanych w systemie oraz akredytowanych/ licencjonowanych weryfikatorów środowiskowych. Wg danych zamieszczonych na stronie aktualnie w Polsce w systemie EMAS zarejestrowanych jest 39 organizacji.